南方医科大学生物信息学专业具体内容介绍

周晶晶

　　各位同学、各位家长，各位网友，大家好，今天由我来跟大家介绍我们南方医科大学基础医学院生物信息学专业，我是余光创，是我们生物信息学系的副主任，也是我们学科的负责人。
　　很多人对我们生物信息学这个专业是不了解的，我首先跟大家介绍一下这个专业的一些基本情况。生物信息学它首先是一门交叉学科，它结合生物学、计算机科学、数学和统计学的诸多要素，实现对大规模生物信息的分析理解和有效管理。生物信息学本科专业旨在培养生物医学大数据分析和解读的高质量复合型人才。我们做的主要有三块，一个是数据的管理，另外一个是数据分析软件工具的开发，还有就是工具的使用以及对结果的生物学意义的解释。

　　我们知道当今最为热门的是人工智能和数据科学，这也是各个国家重点部署的一个方向。如果我们把生物信息学和数据科学放在一起比较的话，我们会发现他们非常相似，都是统计学、计算机科学、领域专业知识的结合。那么对于我们生物信息学来说，这个领域专业知识就是生物学，所以我们可以说生物信息学是一种特别的数据科学，而这个学科它非常有趣，原因就在于说它聚集了来自于不同学科的人，这些人带着不同的背景，用不同的方式思考着生物学问题。
　　生物学是这个数据科学下一个爆发点，生物信息学可以说是数据科学最大的应用领域之一，如果没有生物信息学家分析数据产生决策，就不可能有精准医疗，这也是现在各个国家重点部署的一个方向。那么我们所熟知的这些IT公司，包括国外的谷歌、IBM都在通过大数据平台部署医药和健康。而国内像阿里、腾讯，还有百度三大巨头也是同样在布局医药和健康领域。随着基因测序技术的发展以及大数据和人工智能的广泛应用，生物信息学在预防出生缺陷，肿瘤的防治，分子的诊断药物治疗和控制传染病等方面都扮演着重要的角色，可以说是生命科学和产业开发的前沿领域。从未来的就业前景来看，人才缺口是非常大的。
　　著名的学术期刊Science曾经就撰文描述了生物信息学的前景以及职位的这种爆炸式的增长。根据国外的一项调查和职业发展展望，显示在未来可见的一段时间里，对于生物信息学的职位需求，都是供不应求的。对于生物信息学的需求，不单单是在生物和医学领域，还包括农业、环境生态、公共卫生等等。
　　我们以这次新型冠状病毒为例，在各个方面都得力于生物信息学的发展，包括我们刚刚讲的数据管理，应用在管理测序序列等数据上面，在核酸检测方面，需要根据流行的病毒株的变化设计特异的寡核苷酸，在病毒编码的蛋白质三维结构建模上面，都发挥了重要的作用，以及在面向临床上面，我们会去开发疫苗，要开发新的一些治疗方案，生物信息学也发挥了重要的作用。另外还可以利用系统发育的一些手段来研究病毒的传播以及病毒的溯源，也就是说病毒是从哪里来，这也是现在我们迫切需要回答的一些问题。

　　接下来我跟大家简单介绍一下我们学校生物信息学专业的一些特色。我们的专业定位是针对大数据时代生物学和医学研究对信息学人才日益增长的需求，培养既掌握生物学和医学的基本理论和知识，又具备分析和管理生物医学大数据能力的复合型人才。所以说我们培养学生是两手抓，而对于学生来说，是两条腿走路，生物医学以及信息科学。
　　这是我们专业的一些基本情况。 我们是4年制的，然后授予的学位是理学学位，总共的学时是3054个学时。我们在教学的过程中非常重视科研实践，其中实践的教学环节的占比是比较高的，高达35%，然后我们专业的最高是可以授予博士学位，教授给本科生上课的比例也非常高，高达了75%。
　　我们的主干课程可以分为4块，包括思政、大学英语以及一些数理基础，包括高等数学、线性代数、概率和数理统计。而生物医学系列包括生物化学、分子生物学、生理学、医学细胞生物学、医学免疫学、医学微生物学等等。而专业课包括程序设计、数据结构、生物信息学统计方法，高性能计算，高通量的数据分析，基因组学、计算分子生物学等等。另外还有以培养学生科研训练能力为主的一些系列课程，包括生物信息学科研训练，通过对专业英语的学习，最新文献的研读以及高通量测序数据的分析实践等训练，增强了学生的理论素养和实践能力。
　　培养的方案侧重大数据时代数理科学、信息科学和生物医学的高度融合和交叉。我们非常注重学生的科研能力，对学生通过早介入和全学段的培养，从走进实验室、研之行到见习实习加入到课题组参与科研工作，实现早科研、多科研和持续科研全过程，提升学生的科研能力。同时我们坚持跟医院、企业合作的一个培养模式，高年级的学生按照个人的兴趣，可以在基础医学院各个系所，南方医院、珠江医院各个科室，以及华大基因、诺禾致源等生物信息学相关的企业进行实行实习实训，形成了教学与科研结合，基础与创新并重，科学与人文兼顾的教育教学体系。
　　我们生物信息学本科专业的学生培养质量是比较高的。近5年来在校学生获得大学生创新创业训练项目国家级是3项，省级7项。有多名本科生在校期间就发表 SCI论文，获得了国家奖学金以及学校奖学金的资助，被学校评为优秀学生以及其它的多项荣誉。
　　接下来介绍一下我们学校生物信息学专业的一些优势。南方医科大学生物信息学专业开办于2005年9月，是国内较早也是广东省首个生物信息学本科专业。2010年10月在基础医学院成立了生物信息学系，以加强对本科专业的教学管理和学生培养。到了2012年的时候，我们申报设置了生物信息学二级交叉硕士，博士学位授予点，也就是说我们现在是具有学士、硕士和博士的系列培养能力。2019年入选了教育部首批国家级一流本科专业建设点，是全国现在唯一一个首批入选本科一流专业建设点的生物信息学专业。
　　生物信息学本科专业的生物学和医学的基础课程是由基础医学院多个国家级省级教学名师领衔的国家级教学团队承担的，为我们本科专业的学生打下了良好的生物学和医学基础。2006年起，学院承担了6名国家级精品课程，拥有了2个国家级实验教学中心和21个省部级实践教学平台。2009年获评全国教育系统先进集体，2017年被评为全国首批黄大连试教师团队之一。
　　生物信息学专业课的教学是由我们生物信息学系来负责，现在我们系有在编教师10人，其中教授4人，副教授3人，有博士学位的7人，7人分别留学于美国、德国、英国和新加坡等国家以及香港地区的经历。2018年已经建成了生物信息学本科专业专用的教学实验室，并配置有本科教学专用的服务器。同时我们现在还在建设一个生物信息学本科专业的多功能实训中心，进一步改善了我们的教学条件 。在教学上我们也邀请了生物医学工程学院和南方医院生物信息学相关的一些教授来参与教学活动，进一步也提高了师资力量。
　　在历届的毕业生中，平均50%的学生会选择继续深造。 那么从近三年的数据来看，超过8%的学生是通过保送到国内著名的高校去读研究生，超过4%的学生是选择留学，另外有接近40%的学生是通过考研进入到国内的高校，包括本校读研，总的一个升学率是超过了52%。而且现在因为我们是国家一流本科专业建设点，那么学校在推免生的制度上是会给予倾斜的，所以我们将会进一步提高推免的比例，所以选择我们专业在升学上的话是可以说是非常有保障的。
　　这个表格是近三年来毕业生的一个去向，总的就业率高达97%，超过一半的学生是选择国内外的著名高校去继续深造，包括海外的哥本哈根大学、加州大学Davis分校、罗彻斯特大学以及国内的复旦大学、同济大学、西湖大学等等。其余的大多数学生的是在相关的企事业单位工作，毕业生可以在制药公司、生物技术公司以及科研机构，高等学校、医院、环境保护等一些相关的部门，从事生物信息学相关的教学、科研和管理工作。生物信息学在生物学研究、药物设计、环境监测、农业育种、疾病防控等多个领域的是应用越来越广泛。生物信息学的毕业生广受就业市场的欢迎，近几年来出现了人才供不应求的一个局面。
　　我们的毕业生发展后劲很足，这里列举了几个攻读博士学位的学生作为代表，比如说2006级的贺莎，在本校读博，然后毕业后留校任教，现在是我们系的支部书记；还有2007级的叶宇华在本校攻读博士学位期间，获得了国家留学基金委基金资助，前往牛津大学联合培养，现在在牛津大学做博士后。继续深造的学生当中，多人获得了国家奖学金的的资助。这里特别强调一个同学是2011级的王奇同学，他在2015年的时候是本科毕业，然后在华大教育中心是硕博连读，今年2020年刚刚毕业，毕业之后就被兰州大学引进为副教授。
　　选择工作的学生发展潜力同样非常大；2007级的曾柳红获批八项专利；2008级的吴楠同学获得了安徽省科学技术奖；2009级的陈春海和2010级的刘春都在华大基因工作，分别获得的深圳盐田区的梧桐人才奖，目前至少有5台华大自主产权的测序仪，是以我们南方医科大学生物信息学本科毕业生的名字来命名的。迄今为止，我们这个专业总共毕业了300多名学生，为社会输送了一批批合格的生物信息学人才。我们最近对毕业生近5年来的一些工作成果做调查，共收集了毕业生近5年来发表的SCI论文104篇，各类获奖证书14份。
　　最后是寄语，生物信息学是一门交叉学科，交叉学科往往是创新聚集的地方，也是学科发展的前沿领域。如果学生选择生物信息学专业，那么在一开始就可以接受多学科的基础学习，它包括生物学、医学、统计学和计算机科学，可以培养学生交叉学科的科研能力，作为一门交叉学科，学生会接触到更加多元化的资源，有更广阔的视野，那么最后也会有更灵活的发展方向。
　　21世纪是生命科学的时代，也是信息学的时代。那么同时也是我们生物信息学蓬勃发展的时代。生物信息学是一门朝阳专业，在未来的发展将会是更加开放和多元化。你还在为选择大学专业还有苦恼吗？欢迎加入我们南方医科大学生物信息学本科专业，让我们共同迎接挑战，开拓未来，期待在金秋9月能够在我们美丽的南方医科大学的校园里与你相遇，谢谢大家！